Oi Bruno
Não ficou claro o que deseja. Você quer saber como outras empresas estão automatizando o lançamento sem ter a solução de automação de entradas?
Não vi nenhum grande problema em termos de processo; até porque pelo que você descreve vocês já possuem a entrada de frente padronizada. O que você precisa observar é como irá fazer o vínculo do CT-e com o seu contrato/pedido de compra já que no CT-e não tem essa informação.
Abraço
Eduardo Chagas